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Cuenta con un clima templado subhúmedo con una temperatura anual promedio de 14.5 °C. Las temperaturas más altas se registran entre los meses de marzo y junio, las cuales oscilan entre los 21 y 23 °C, mientras que las temperaturas más bajas se registran entre diciembre y febrero, las cuales oscilan entre los 5 y 6 °C. A pesar de las bajas temperaturas que se registran normalmente en el municipio, rara vez cae nieve en él. Tiene un promedio de 200 días nublados al año, en los que se presenta una visibilidad de 50 a 500 metros.
El municipio está dentro de la cuenca hidrológica del golfo, en él se encuentran los ríos Hueyapan, Cedazo, Maquixtla, Tepexco, la Ferrería, Tlayaquia y Atlixcala, estos se originan en las estibaciones orientales del altiplano y corren paralelos de oeste a este, para unirse al Laxaxalpan en el Río Cananutla. El sistema hidrográfico del municipio proviene de corrientes internas que nacen en lo alto de la sierra, las cuales se unen formando una corriente que escurre en la barranca de los jilgueros con 125 millones de metros cúbicos